Основными направлениями деятельности со времени основания отделения являлись и остаются сейчас абдоминальная хирургия, колопроктология и эндокринная хирургия. Сотрудники отделения выполняют около 1500 операций в год, третья часть из них - на органах эндокринной системы (щитовидная околощитовидные железы, надпочечники, поджелудочная железа) и колопроктологические операции. Выполняется полный комплекс предоперационного обследования, осуществляется регулярное амбулаторное наблюдение и коррекция терапии в послеоперационном периоде. Помимо плановых хирургических вмешательств коллектив хирургического отделения ГУЗ ЦК МСЧ оказывает экстренную хирургическую помощь в круглосуточном режиме и в полном объеме с использованием современных диагностических и лечебных технологий, продолжает труд основателей хирургии ГУЗ ЦК МСЧ, привлекая в свою работу новейшие технологии и методы лечения.

Отдается предпочтение малотравматичным операциям (лапароскопические методики, операции из минидоступов и т.д.). Возможно выполнение симультанных операций при сочетании хирургических проблем с  гинекологической, урологической и т.д. Мы стараемся сократить сроки пребывания пациентов в стационаре: возможно выполнение оперативного вмешательства в день поступления при условии полного амбулаторного обследования. Операция любой сложности требует, чтобы операционная была оснащена современным и качественным оборудованием. Это существенно влияет на успешный исход операции. В распоряжении хирургов все виды сшивающих аппаратов, в том числе эндоскопические сшивающие аппараты EndoGIA, ультразвуковой скальпель, аппарат LigaSure как для «открытых», так и лапароскопических операций, биполярная и монополярная коагуляция, современные шовные материалы, что значительно сокращает время операции и сводит к минимуму риск осложнений. Видеоэндоскопическая стойка позволяет выполнять операции любой сложности на органах брюшной полости. Для выполнения операций при грыжах передней брюшной стенки (паховые – одно- и двухсторонние,  пупочные, послеоперационные, рецидивные) доступны все виды сетчатых трансплантатов.

Хирургическое отделение рассчитано  на 57 пациентов. В состав отделения входят 2 палаты улучшенного пребывания.