Эндоскопическая служба в ЦК МСЧ существует с 1976 г. Эндоскопия - метод визуального исследования полых органов (через естественные отверстия) и полостей организма (путем проколов или операционных доступов) с помощью оптических осветительных приборов. На современном этапе большинство хирургических вмешательств можно выполнить эндоскопически, что обеспечивает не только прекрасные косметические результаты, но и более благоприятное течение послеоперационного периода, значительно снижает вероятность развития послеоперационных осложнений. С открытием в 1991г. отделения эндоскопии стали проводиться все виды диагностической эндоскопии: ЭГДФС, фибробронхоскопии, ректосигмоскопии, методы лечебной и операционной эндоскопии.

В отделении широко используются высокоинтентенсивное лазерное излучение для лечения язв желудка и луковицы 12 пк., дуоденоскопия (с осмотром большого дуоденального сосочка), эндоскопическая ретроградная панкреатохолангиография (ЭРПХГ), эндоскопическая диагностика Helicobactea pylori с использованием хелпил теста.

С 1992 г. в отделении проводится диагностическая  и лечебная ЭГДФС детям. Оснащенность отделения современной техникой ведущих мировых производителей (OLIMPUS, PENTAX, FUJINON) с полным арсеналом инструментов и специальной аппаратуры для проведения лечебных и оперативных вмешательств позволяет выполнять весь спектр лечебных и диагностических внутрипросветных процедур. Наличие современной технической базы дает возможность осуществлять раннюю диагностику и адекватное лечение, позволяет выполнять сложные диагностические и лечебные исследования и эндохирургические манипуляции.